構建生物資料疾病相關環狀RNA-microRNA-mRNA相互作用網絡之應用平台
- 榮總三總中研院合作研究計畫 @ 學術及儀器事務處

計畫名稱(中文)構建生物資料疾病相關環狀RNA-microRNA-mRNA相互作用網絡之應用平台的計畫類別是與醫學中心合作及合聘計畫, 主持人姓名是莊樹諄, 中研院計畫編號是AS-VTA-110-09, 主持人所屬單位是基因體研究中心, 執行年度是110, 研究期程 (起)是110-01, 研究期程 (迄)是110-12, 計畫名稱(英文)是Development of a one-stop software for constructing diseaserelated circular RNA-microRNA-mRNA interaction networks, 核定編號是AS-VTA-110-09.

執行年度	110
計畫類別	與醫學中心合作及合聘計畫
核定編號	AS-VTA-110-09
中研院計畫編號	AS-VTA-110-09
主持人姓名	莊樹諄
主持人類別	分支計畫主持人
主持人所屬單位	基因體研究中心
計畫名稱(中文)	構建生物資料疾病相關環狀RNA-microRNA-mRNA相互作用網絡之應用平台
計畫名稱(英文)	Development of a one-stop software for constructing diseaserelated circular RNA-microRNA-mRNA interaction networks
研究期程 (起)	110-01
研究期程 (迄)	110-12

執行年度

110

計畫類別

與醫學中心合作及合聘計畫

核定編號

AS-VTA-110-09

中研院計畫編號

AS-VTA-110-09

主持人姓名

莊樹諄

主持人類別

分支計畫主持人

主持人所屬單位

基因體研究中心

計畫名稱(中文)

構建生物資料疾病相關環狀RNA-microRNA-mRNA相互作用網絡之應用平台

計畫名稱(英文)

Development of a one-stop software for constructing diseaserelated circular RNA-microRNA-mRNA interaction networks

研究期程 (起)

110-01

研究期程 (迄)

110-12

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85	發布日期: 85 \| 發布單位: TDLN)」時，醫師即可藉此瞭解腫瘤惡化的程度，但究竟是否有必要進行手術治療？論文第一作者，本院基因體中心博士後研究人員黃世嘉博士表示，在黑色素瘤的診療上，目前已有數據證明，切除腫瘤附近的淋巴結，對預... \| 網頁內容: 85);\">圖1:TDLN 內的Tregs 分泌TGF-β1活化乳癌細胞的IL-17RB基因，因而促進乳癌細胞的擴散能力。 @ 中央研究院院新聞稿
Taiwan	發布日期: DCB)進行量產及動物安全試驗，預計年底完成並申請新藥試驗的許可，以便將來可進行人體試驗。行政院衛生署疾病管制局血清疫苗研製中心劉定萍主任表示，「非常高興中研院的團隊在從事基礎研究之外，願意投入疫苗研... \| 發布單位: PNAS) ，獲得國際高度重視。這個由翁啟惠院長與何大一院士共同主持，以及在陳鈴津特聘研究員及鄭婷仁研究助技師合作下所完成的研究，係針對導致禽流感的H5N1病毒，研發出基因型疫苗，並證明對小鼠身上不同... \| 網頁內容: CDC)的研究經費支持下展開的。目前，這個疫苗已由台灣財團法人生物技術開發中心(Development Center for Biotechnology @ 中央研究院院新聞稿
ESI）、基質輔助雷射脫附離子化（matrix-assisted laser desorption \/ ionization	發布日期: EI）及雷射誘導聲波脫附法（laser induced acoustic desorption\/ionization \| 發布單位: Da3）。團隊用自有專利RF頻率掃描線性技術，不增加電壓，改調整頻率，也能得到圖譜，且量測範圍一舉提高到1015 Da。此外，團隊也與本院物理研究所朱明禮研究技師合作，採用其設計的離子偵測器，提高了離... \| 網頁內容: MALDI）、電子電離（electron ionization @ 中央研究院院新聞稿
中研院基因體研究中心登峰計畫成果（2006-2020）	日期: 2021/1/14 \| 研究團隊: 基因體研究中心 \| 內容描述: 自2003年SARS疫情爆發後，有鑑於我國尚未建立自己的完整研發能量以因應突發的新興傳染病及其他重大疾病；加上中研院的基礎研究也緩不濟急，尚未銜接轉譯研究，將基礎研究成果加以驗證，並經由技轉，進行產品... @ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞
中研院90週年院慶系列活動─臺南場科普演講	圖文模式頁面網址: https://www.nmtl.gov.tw/News_Content.aspx?n=3891&s=128478 \| 內容: 今年夏天，中央研究院與你相約在臺南的國立臺灣文學館，讓我們一起談談文學與科學！ (中研院科普演講海報圖)2017年諾貝爾文學獎及生醫獎，分別頒給了石黑一雄以及研究生理時鐘的3位美國學者，引起... @ 臺文館新聞公告
中央研究院基因體研究中心附設育成中心	地址: 台北市南港區研究院路二段128號 \| 簡介: 中央研究院基因體研究中心於2003年元月正式成立，翁啟惠院士應聘回國擔任首屆中心主任，積極規劃研究方向、人才延攬以及進行研究大樓興建。2006年10月翁院士接任院長，主任一職由陳仲瑄博士代理，直至20... @ 文創育成中心資訊
被圈住的心靈Part II:探討基因型、環狀RNA與自閉症間的因果關係網路	日期: 2022/12/30 \| 研究團隊: 莊樹諄 \| 內容描述: 基因體研究中心研究員莊樹諄團隊，在2020年首度建構自閉症腦組織的環狀RNA與基因間調控網路圖譜之後（見中研院研究報導：被圈住的心靈Part I），進一步結合不同型式的體學資料(omics data)... @ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞
探討胰臟癌發展機制並開發治療策略	計畫主持人(中): 沈家寧 \| 李文華 \| 胡春美 \| 計畫編號: AS-TP-107-L15 \| 計畫主持人所屬單位(中): 中研院基因體研究中心 \| 參與研究人員所屬單位(中): 中研院基因體研究中心 \| 國立臺灣大學醫學院內科部 \| 中研院基因體研究中心 \| 中研院細胞與個體生物學研究所 \| 中國醫藥大學生物醫學研究所 \| 國立清華大學醫學科學系 \| 國立臺灣大學醫學院外科部... \| 西元年: 2017 \| 執行期間(起): 2018-01-01 \| 執行期間(迄): 2020-12-31 \| 備註: NULL @ 中央研究院主題研究計畫核定通過名單

85

發布日期: 85 | 發布單位: TDLN)」時，醫師即可藉此瞭解腫瘤惡化的程度，但究竟是否有必要進行手術治療？論文第一作者，本院基因體中心博士後研究人員黃世嘉博士表示，在黑色素瘤的診療上，目前已有數據證明，切除腫瘤附近的淋巴結，對預... | 網頁內容: 85);\">圖1:TDLN 內的Tregs 分泌TGF-β1活化乳癌細胞的IL-17RB基因，因而促進乳癌細胞的擴散能力。

@ 中央研究院院新聞稿

Taiwan

發布日期: DCB)進行量產及動物安全試驗，預計年底完成並申請新藥試驗的許可，以便將來可進行人體試驗。行政院衛生署疾病管制局血清疫苗研製中心劉定萍主任表示，「非常高興中研院的團隊在從事基礎研究之外，願意投入疫苗研... | 發布單位: PNAS) ，獲得國際高度重視。這個由翁啟惠院長與何大一院士共同主持，以及在陳鈴津特聘研究員及鄭婷仁研究助技師合作下所完成的研究，係針對導致禽流感的H5N1病毒，研發出基因型疫苗，並證明對小鼠身上不同... | 網頁內容: CDC)的研究經費支持下展開的。目前，這個疫苗已由台灣財團法人生物技術開發中心(Development Center for Biotechnology

@ 中央研究院院新聞稿

ESI）、基質輔助雷射脫附離子化（matrix-assisted laser desorption \/ ionization

發布日期: EI）及雷射誘導聲波脫附法（laser induced acoustic desorption\/ionization | 發布單位: Da3）。團隊用自有專利RF頻率掃描線性技術，不增加電壓，改調整頻率，也能得到圖譜，且量測範圍一舉提高到1015 Da。此外，團隊也與本院物理研究所朱明禮研究技師合作，採用其設計的離子偵測器，提高了離... | 網頁內容: MALDI）、電子電離（electron ionization

@ 中央研究院院新聞稿

中研院基因體研究中心登峰計畫成果（2006-2020）

日期: 2021/1/14 | 研究團隊: 基因體研究中心 | 內容描述: 自2003年SARS疫情爆發後，有鑑於我國尚未建立自己的完整研發能量以因應突發的新興傳染病及其他重大疾病；加上中研院的基礎研究也緩不濟急，尚未銜接轉譯研究，將基礎研究成果加以驗證，並經由技轉，進行產品...

@ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞

中研院90週年院慶系列活動─臺南場科普演講

圖文模式頁面網址: https://www.nmtl.gov.tw/News_Content.aspx?n=3891&s=128478 | 內容: 今年夏天，中央研究院與你相約在臺南的國立臺灣文學館，讓我們一起談談文學與科學！ (中研院科普演講海報圖)2017年諾貝爾文學獎及生醫獎，分別頒給了石黑一雄以及研究生理時鐘的3位美國學者，引起...

@ 臺文館新聞公告

中央研究院基因體研究中心附設育成中心

地址: 台北市南港區研究院路二段128號 | 簡介: 中央研究院基因體研究中心於2003年元月正式成立，翁啟惠院士應聘回國擔任首屆中心主任，積極規劃研究方向、人才延攬以及進行研究大樓興建。2006年10月翁院士接任院長，主任一職由陳仲瑄博士代理，直至20...

@ 文創育成中心資訊

被圈住的心靈Part II:探討基因型、環狀RNA與自閉症間的因果關係網路

日期: 2022/12/30 | 研究團隊: 莊樹諄 | 內容描述: 基因體研究中心研究員莊樹諄團隊，在2020年首度建構自閉症腦組織的環狀RNA與基因間調控網路圖譜之後（見中研院研究報導：被圈住的心靈Part I），進一步結合不同型式的體學資料(omics data)...

@ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞

探討胰臟癌發展機制並開發治療策略

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「被圈住的心靈！」首度建構自閉症腦組織的環狀RNA與基因間調控網路圖譜	日期: 2020/5/13 \| 研究團隊: 莊樹諄 \| 內容描述: 自閉症譜系障礙(autism spectrum disorder，簡稱ASD)是一種腦部發育障礙所導致的複雜疾病，患者往往在社交溝通、互動及表達上有障礙，成因目前仍未有定論，普遍認為與遺傳及基因變異有... @ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞
RNA編輯事件:基因突變的神救援還是豬隊友?	日期: 2019/10/24 \| 研究團隊: 莊樹諄 \| 內容描述: 中研院基因體研究中心莊樹諄研究員團隊，運用生物資訊分析，領先全球首次提出，DNA序列突變的危害性，應該結合RNA轉譯資料分析，才能更精確地評估這個突變的危害程度。這個突破性的研究，最近在《基因體研究》... @ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞
生物資訊演算法，找出對全能性幹細胞功能性具關鍵力的分子間剪接RNA	日期: 2013/12/3 \| 研究團隊: 莊樹諄 \| 內容描述: 基因體研究中心莊樹諄老師與細胞與個體生物學研究所郭紘志老師，結合生物資訊與幹細胞的研究，成功的開發出一個尋找分子間剪接(Trans-splicing)RNA的流程，將之命名為TSscan。這個流程包括... @ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞
莊樹諄	聘書職級: 教授 \| 專兼任: 兼任 \| 單位名稱: 基因體與系統生物學學位學程 \| 學校名稱: 國立臺灣大學 \| 教師專長: 比較暨演化基因體、生物資訊、基因網路 @ 大學校院教師學術專長彙整表
莊樹諄	聘書職級: 教授 \| 專兼任: 兼任 \| 單位名稱: 生命科學系 \| 學校名稱: 國立臺灣師範大學 \| 教師專長: 基因體註解、演化分析上相關技術的研發 @ 大學校院教師學術專長彙整表
運用跨物種EST序列來尋找新的外顯子以及選擇性剪接事件	作者: 王宥崴 \| 指導教授: 莊樹諄楊致芳 \| 學位類別: 碩士 \| 畢業學年度: 102 \| 論文名稱(外文): A cross-species EST-based pipeline for identification of exons and alternatively spliced variants \| 系所名稱: 資訊工程學系 \| 學校名稱: 國立臺北大學 @ 國家圖書館臺灣博碩士論文知識加值系統
全面性分析在自閉症表現量異常的環狀核糖核酸及環狀核糖核酸–微小核糖核酸–信使核糖核酸間相互調控網路	作者: 陳彥如 \| 指導教授: 莊樹諄 \| 學位類別: 博士 \| 畢業學年度: 108 \| 論文名稱(外文): Integrative analysis of circular RNA dysregulation and circular RNA-microRNA-mRNA regulatory axes in... \| 系所名稱: 基因體與系統生物學學位學程 \| 學校名稱: 國立臺灣大學 @ 國家圖書館臺灣博碩士論文知識加值系統

「被圈住的心靈！」首度建構自閉症腦組織的環狀RNA與基因間調控網路圖譜

日期: 2020/5/13 | 研究團隊: 莊樹諄 | 內容描述: 自閉症譜系障礙(autism spectrum disorder，簡稱ASD)是一種腦部發育障礙所導致的複雜疾病，患者往往在社交溝通、互動及表達上有障礙，成因目前仍未有定論，普遍認為與遺傳及基因變異有...

@ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞

RNA編輯事件:基因突變的神救援還是豬隊友?

日期: 2019/10/24 | 研究團隊: 莊樹諄 | 內容描述: 中研院基因體研究中心莊樹諄研究員團隊，運用生物資訊分析，領先全球首次提出，DNA序列突變的危害性，應該結合RNA轉譯資料分析，才能更精確地評估這個突變的危害程度。這個突破性的研究，最近在《基因體研究》...

@ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞

生物資訊演算法，找出對全能性幹細胞功能性具關鍵力的分子間剪接RNA

日期: 2013/12/3 | 研究團隊: 莊樹諄 | 內容描述: 基因體研究中心莊樹諄老師與細胞與個體生物學研究所郭紘志老師，結合生物資訊與幹細胞的研究，成功的開發出一個尋找分子間剪接(Trans-splicing)RNA的流程，將之命名為TSscan。這個流程包括...

@ 中央研究院基因體研究中心-歷年研究新聞

莊樹諄

聘書職級: 教授 | 專兼任: 兼任 | 單位名稱: 基因體與系統生物學學位學程 | 學校名稱: 國立臺灣大學 | 教師專長: 比較暨演化基因體、生物資訊、基因網路

@ 大學校院教師學術專長彙整表

莊樹諄

聘書職級: 教授 | 專兼任: 兼任 | 單位名稱: 生命科學系 | 學校名稱: 國立臺灣師範大學 | 教師專長: 基因體註解、演化分析上相關技術的研發

@ 大學校院教師學術專長彙整表

運用跨物種EST序列來尋找新的外顯子以及選擇性剪接事件

@ 國家圖書館臺灣博碩士論文知識加值系統

全面性分析在自閉症表現量異常的環狀核糖核酸及環狀核糖核酸–微小核糖核酸–信使核糖核酸間相互調控網路

@ 國家圖書館臺灣博碩士論文知識加值系統

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與構建生物資料疾病相關環狀RNA-microRNA-mRNA相互作用網絡之應用平台同分類的榮總三總中研院合作研究計畫

應用誘導性多功能幹細胞技術建構第二型糖尿病疾病研究模式並藉以研發個人化治療策略	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 沈家寧 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 105 \| 研究期程 (起): 105-01 \| 研究期程 (迄): 105-12 \| 計畫名稱(英文): Derivation of type 2 diabetic patient-specific induced pluripotent stem cells for diseases modelling... \| 核定編號: VTA105-T-4-4
尋找與大腸直腸癌易感性與癌症演進相關的基因與致癌性miRNA研究合作計劃	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 李玲慧 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 105 \| 研究期程 (起): 105-01 \| 研究期程 (迄): 105-12 \| 計畫名稱(英文): Identification of Genes and Oncogenic miRNAs Involved in Colorectal Cancer Susceptibility and Progre... \| 核定編號: VTA105-A-1-1
以小鼠模型建立並鑑識新的亨丁頓氏症的生物標誌	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 陳儀莊 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 105 \| 研究期程 (起): 105-01 \| 研究期程 (迄): 105-12 \| 計畫名稱(英文): Identification of novel biomarkers of Huntington’s disease in mouse models. \| 核定編號: VTA105-A-2-1
探討粒線體代謝活性在胰腺癌進行肺臟轉移的角色	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 胡春美 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Roles of mitochondrial OXPHOS activity in lung metastatic colonization of pancreatic cancer stem cel... \| 核定編號: VTA106-V1-1- 2
以人肝嵌合小鼠模式探討B型肝炎病毒野生型與刪除型突變株的外套原前區影響病毒複製、裝配、釋放與致病性的關鍵區域與氨基酸 (第二年）	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 陶秘華 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Investigation of critical domains and amino acids in the Pre-S region of hepatitis B virus (HBV) in ... \| 核定編號: VTA106-V1-2- 2
(第二年)設計並建立群集循環腫瘤細胞濃縮及分析的流程	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 張瑛芝 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Design and construct a workflow to enrich patient circulating tumor cells and clusters for molecular... \| 核定編號: VTA106-V1-3- 1
去乙醯化酶 (Sirt1)在肺動脈高壓的病理生理學角色之活體研究 (第2 年)	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 陳燕輝 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Identification of Genes and Oncogenic miRNAs Involved in Colorectal Cancer Susceptibility and Progre... \| 核定編號: VTA106-V1-4- 3
心房顫動疾病誘導性多潛能幹細胞分化之心肌細胞的電生理特性分析	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 陳建璋 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Clarification of the electrophysiological characteristics of iPS-differentiated cardiomyocytes from ... \| 核定編號: VTA106-V1-5- 2
製作心房顫動疾病誘導性多潛能幹細胞分化之心肌細胞做為人類疾病研究模式	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 謝清河 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生醫所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Generation of human induced pluripotent stem cell derived cardiomyocytes as a model for atrial fibri... \| 核定編號: VTA106-V1-5- 3
整合多維體策略來解析鋸齒狀線瘤、大腸腺瘤及大腸癌患者腸道菌之基因體組成與宿主間的互動關係	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 林仲彥 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 資訊所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Decipher metagenomic puzzles inside human colorectal cancer by using omics approaches \| 核定編號: VTA106-V1-6- 2
免疫風濕疾病患者C 型肝炎病毒感染之細胞因子及基因體研究(2/3)	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 謝世良 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): The study of cellular factors and genomics associated with HCV infection in rheumatic patients \| 核定編號: VTA106-V2-1- 2
蛋白質酪氨酸去磷酸酶在骨癌的角色與調控機轉	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 陳光超 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 生化所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Role and regulation of protein tyrosine phosphatases in bone cancer \| 核定編號: VTA106-V3-1- 2
探討Blimp-1在Breg細胞中如何參與實驗性自體免疫性腦脊髓炎的發生 (第二年)	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 林國儀 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): Study of the effects of Blimp-1 in Breg cells on the development of experimental autoimmune encephal... \| 核定編號: VTA106-T-1-2
早期復發和預測放射治療抗性的角色	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 吳漢忠 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 細生所 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): The role of microRNA in early detection of recurrence, predict radioresistance in head and neck canc... \| 核定編號: VTA106-T-2-2
ApoA1於骨折治療之應用	計畫類別: 榮總三總中研院合作研究計畫 \| 主持人姓名: 呂仁 \| 中研院計畫編號: \| 主持人所屬單位: 基因體中心 \| 執行年度: 106 \| 研究期程 (起): 106-01 \| 研究期程 (迄): 106-12 \| 計畫名稱(英文): The application of ApoA1 in the treatment of bone fracture \| 核定編號: VTA106-T-3-2