建構台灣鯛基因體育種分析整合平台以應用於抗病台灣鯛分子標誌輔助選育
- 農業科技計畫 @ 農業部
計畫名稱建構台灣鯛基因體育種分析整合平台以應用於抗病台灣鯛分子標誌輔助選育的計畫主持人是龔紘毅, 執行機關是台灣海洋大學, 研究領域是農-生物技術, 研究性質是應用研究, 計畫編號是109農科-12.3.1-科-a2, 研究目的是發展農林漁牧(不含食品加工與包裝), 中央款是2000000, 配合款是0, 計畫總經費是2000000, 執行成果摘要是本計畫目標為發展台灣鯛之基因體選育平台,以進行高抗病台灣鯛品系之分子標誌輔助選育。利用已建立之尼羅吳郭魚全基因體及轉錄體資料庫,建構台灣鯛參與免疫調節、抗病基因相關之微衛星SSR DNA與SNPs分子標誌資料庫。以多態性微衛星DNA分子標誌分析對鏈球菌感染不同抗性之海大尼羅吳郭魚純系及商業台灣鯛品系....
計畫年度 | 109 |
計畫類別 | 科技 |
計畫名稱 | 建構台灣鯛基因體育種分析整合平台以應用於抗病台灣鯛分子標誌輔助選育 |
計畫編號 | 109農科-12.3.1-科-a2 |
計畫屬性 | 科學技術類 |
研究性質 | 應用研究 |
研究方法 | 學術補助 |
研究領域 | 農-生物技術 |
研究目的 | 發展農林漁牧(不含食品加工與包裝) |
主管機關 | 農委會 |
執行機關 | 台灣海洋大學 |
計畫主持人 | 龔紘毅 |
中央款 | 2000000 |
配合款 | 0 |
計畫總經費 | 2000000 |
執行成果摘要 | 本計畫目標為發展台灣鯛之基因體選育平台,以進行高抗病台灣鯛品系之分子標誌輔助選育。利用已建立之尼羅吳郭魚全基因體及轉錄體資料庫,建構台灣鯛參與免疫調節、抗病基因相關之微衛星SSR DNA與SNPs分子標誌資料庫。以多態性微衛星DNA分子標誌分析對鏈球菌感染不同抗性之海大尼羅吳郭魚純系及商業台灣鯛品系之基因型多樣性,挑選與抗病力高度相關之微衛星(SSRs)分子標誌。已利用抗病相關SSR分子標記建立帶有可追蹤抗病相關SSR分子標誌之高抗病台灣鯛品系第二代共三個家系。以第一代超高抗病Y-SR品系公魚分別與海大NT1品系及高抗X-SR品系母魚雜交之第二代雜交品系YNT1-SR、YX-SR及高抗X-SR品系自交X-SR之第二代高抗病品系共三個。YNT1-SR, YX-SR, X-SR三個品系分別與原NT1, X, X品系以相同劑量海豚鏈球菌攻毒比較,均可提升20%以上存活率。 以高抗病Y品系LD70海豚鏈球菌攻毒後,選取其中30隻抗病加上30隻無抗病之台灣鯛,進行基因體十倍定序,透過自有分析流程,建立全基因體SNPs圖譜,並進行全基因體關聯分析(GWAS)篩選抗病高度相關SNP分子標誌,共篩選出超過五十萬筆以上的SNPs,其中與抗病高度相關(p-value < 0.001)的SNPs,約有160筆以上,其中對Top500 與抗病相關之SNPs其鄰近基因,來進行GO功能分類與KEGG代謝途徑的富集分析(Enrichment analysis),發現在GO部分,乃與鈣離子恆定、蛋白質脂化、膜通道與離子通道活性,還有細胞爬行移動與細胞骨架與細胞間連結高度相關。在KEGG代謝途徑上,則與心肌細胞異常、神經突觸連結等相關,與鏈球菌感染魚體所造成的病徵相當一致。以抗病基因相關SSR與SNP分子標誌輔助選育可建立及追蹤高抗病力之台灣鯛品系。 |
計畫年度109 |
計畫類別科技 |
計畫名稱建構台灣鯛基因體育種分析整合平台以應用於抗病台灣鯛分子標誌輔助選育 |
計畫編號109農科-12.3.1-科-a2 |
計畫屬性科學技術類 |
研究性質應用研究 |
研究方法學術補助 |
研究領域農-生物技術 |
研究目的發展農林漁牧(不含食品加工與包裝) |
主管機關農委會 |
執行機關台灣海洋大學 |
計畫主持人龔紘毅 |
中央款2000000 |
配合款0 |
計畫總經費2000000 |
執行成果摘要本計畫目標為發展台灣鯛之基因體選育平台,以進行高抗病台灣鯛品系之分子標誌輔助選育。利用已建立之尼羅吳郭魚全基因體及轉錄體資料庫,建構台灣鯛參與免疫調節、抗病基因相關之微衛星SSR DNA與SNPs分子標誌資料庫。以多態性微衛星DNA分子標誌分析對鏈球菌感染不同抗性之海大尼羅吳郭魚純系及商業台灣鯛品系之基因型多樣性,挑選與抗病力高度相關之微衛星(SSRs)分子標誌。已利用抗病相關SSR分子標記建立帶有可追蹤抗病相關SSR分子標誌之高抗病台灣鯛品系第二代共三個家系。以第一代超高抗病Y-SR品系公魚分別與海大NT1品系及高抗X-SR品系母魚雜交之第二代雜交品系YNT1-SR、YX-SR及高抗X-SR品系自交X-SR之第二代高抗病品系共三個。YNT1-SR, YX-SR, X-SR三個品系分別與原NT1, X, X品系以相同劑量海豚鏈球菌攻毒比較,均可提升20%以上存活率。 以高抗病Y品系LD70海豚鏈球菌攻毒後,選取其中30隻抗病加上30隻無抗病之台灣鯛,進行基因體十倍定序,透過自有分析流程,建立全基因體SNPs圖譜,並進行全基因體關聯分析(GWAS)篩選抗病高度相關SNP分子標誌,共篩選出超過五十萬筆以上的SNPs,其中與抗病高度相關(p-value < 0.001)的SNPs,約有160筆以上,其中對Top500 與抗病相關之SNPs其鄰近基因,來進行GO功能分類與KEGG代謝途徑的富集分析(Enrichment analysis),發現在GO部分,乃與鈣離子恆定、蛋白質脂化、膜通道與離子通道活性,還有細胞爬行移動與細胞骨架與細胞間連結高度相關。在KEGG代謝途徑上,則與心肌細胞異常、神經突觸連結等相關,與鏈球菌感染魚體所造成的病徵相當一致。以抗病基因相關SSR與SNP分子標誌輔助選育可建立及追蹤高抗病力之台灣鯛品系。 |